Les cultes ont lieu tous les dimanches à 10h du matin, sauf le premier dimanche du mois, où il est à 18h00. Assurés par le pasteur du lieu, d’autres pasteurs de la paroisse de Neuchâtel, des pasteurs retraités ou des « hôtes de ce jour », à savoir des pasteurs ou professeurs de Suisse ou de France, nous cherchons à favoriser la pluralité des voix et leurs richesses ainsi que l’unité de la communauté. Un feuillet pour chaque culte suit les temps liturgiques de l’année. La Sainte-Cène fait partie intégrante de tous les cultes.

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Nous avons la chance de bénéficier chaque dimanche de la présence d’un organiste de haut niveau, Simon Peguiron,  lequel nous permet aussi de vivre quatre fois par année des cultes-cantate,  la plupart du temps une cantate de Bach. Elle est chantée par l’Ensemble vocal de la Collégiale accompagné par des instruments.